公务机要费案的审判9月中旬进入最后审理阶段，“总统府”突然以公函行文台北地方法院，表示有关本案的卷证资料已列为绝对“国家机密”，永远不得公开。
这一动作当然是陈水扁和他的律师团精心设计的一记救命绝招，虽然马永成与林德训等人在本案中只是从犯，但主被告吴淑珍托病缺席，法庭只能审讯他们。从犯如果被判有罪，就等于全案定了性，势必要追究下去，吴淑珍和暂时受到法律豁免权�；さ某滤�，最终还是脱不了干系。熬过了初一熬不过十五，于是阿扁决定以“绝对国家机密”当借口，来个釜底抽薪，查封一切卷证资料，期望以证据不足为理由，结束本案。
这一招很厉害也很彻底，但是他以特权来掩饰吴淑珍等人的可能罪行(当然也包括了扁自己)未免过于明显。如今事态紧急，顾不得许多，扁和他的律师团嗅出本案的走向对吴淑珍等人不利，即便案子可以拖到2008年5月之后，可是扁一家往后的日子更不好过，不如趁权位在手，一劳永逸将之处理，永绝后患。
台北地院驳回了陈水扁绝对“国家机密”的说法，举出五大理由，指陈水扁此举属违法行为。台北地院指出，合议庭在今年1月曾征询“总统府”，本案的所谓6项“外交工作”是否已核定为“国家机密”，“总统府”覆函称并未核定为机密。直到9月部分被告进入最后审理阶段，才急忙发函核定这些资料为绝对机密。合议庭认为，陈水扁拖延了七八个月后才作出核定，选择的时机可疑，显见他核定这些资料的动机并非基于“国安”利益，陈水扁的行为有意隐瞒吴淑珍、马永成等人可能的行政疏失及违法行为，而且法院扣留的卷证发票属于“非机密费”部分的核销单据，大多数是搜集他人的发票，更没有任何机密性可言。至于检察官笔录的6项“外交工作”，媒体早已广为报道，迄今也未发生妨碍“国安”问题，根本没有核定为绝对机密之必要。所有证物裁决不予退回。
这是“总统府”与台北地院第一回合的交手，有评论者为之欢呼，认为这是小法官挑战“大总统”，凸显了司法独立，但这场官司离审判终结还很遥远。陈水扁主导动员了民进党、“府、院”及大法官会议来干扰本案的审理。大法官会议甚至还为扁做了“627号宪法解释”，认为“总统享有国家机密特权”，检察官不应当质询有豁免权的“总统”，这份文件为扁开脱的用心路人皆知�！白芡掣焙硕ň碇ぷ柿衔肮一堋钡木俣�，也以“释宪文”为依据，想压住台北地院合议庭，但合议庭的3个法官没有退让。平心而论，台湾法官有这种担当的并不普遍，相形之下，大法官会议为了屈从上意，奉旨炒出一盘“释宪文”，相当令人不齿了。
但这桩“案中案”才方兴未艾，“总统府”立即发表声明指控，合议庭球员兼裁判，裁决不公，决定要向“高等法院”提出抗告�！案狈讲欢习岢觥笆拖芪摹崩醋龇ɡ砀�，指台北地院无视“国家机密”，漠视“国家安全”的重要性。吴淑珍的首席律师顾立雄表示，合议庭驳回陈水扁的裁决大致引用起诉书的文字，违反了“无罪推定原则”，法官已形成被告有罪的偏见，并完全误解“释宪文”，问题很严重。法律面前人人平等。法庭在未终结审判之前，固然不能认为被告有罪，但是执法人员可以理所当然的质疑被告有脱罪的居心。(作者：言浩 曾任台湾《联合晚报》主笔、《中国时报》专栏作家)
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